Inne jego powieści to "Wyspa dnia poprzedniego" (1994), "Baudolino" (2000), "Tajemniczy płomień królowej Loany" (2004), "Cmentarz w Pradze" (2010) i "Temat na pierwszą stronę" (2015).
"Cmentarz w Pradze" wywołał ogromne poruszenie na świecie, bo ukazał mechanizmy manipulacji i rozbudzania antysemityzmu od XIX w., a na tym tle – powstania głośnych tak zwanych "Protokołów mędrców Syjonu", stanowiących ideologiczną podstawą prześladowań Żydów.
Eco jest również autorem wielu rozpraw, m.in.: "W poszukiwaniu języka uniwersalnego", "Między kłamstwem a ironią", "Filozofia frywolna", "Historia piękna", "Rakiem. Gorąca wojna i populizm mediów", "Jak napisać pracę dyplomową. Poradnik dla humanistów", "Historia brzydoty" i "Teoria semiotyki".
W 1996 r. otrzymał tytuł doktora honoris causa Akademii Sztuk Pięknych w Warszawie. W 2007 r. – dyplom Polskiej Akademii Umiejętności, został też mianowany członkiem zagranicznym Wydziału Filologicznego PAU. Przy tej okazji przypomniał, że w 1968 r. uczestniczył w Polsce w kongresie semiologów. Wspomniał również swe kontakty naukowe z filozofem i semiotykiem Jerzym Pelcem i z filozofem Leszkiem Kołakowskim.
W 2015 r. Eco został doktorem honoris causa Uniwersytetu Łódzkiego. "Przy muzyce Chopina wzrastałem, a jako 12-latek przeczytałem Quo vadis?. Później miałem kontakt z twórczością Stanisława Jerzego Leca, którego utwory jako redaktor zleciłem tłumaczyć" – opowiadał przy tej okazji.
Wspomniał o Szymborskiej i żartował, że gdyby spotkali się wcześniej, mogłaby z tego wyniknąć historia miłosna.
"Zgłębiałem również esperanto Zamenhofa oraz dzieła Tadeusza Kotarbińskiego, a pisząc o estetyce, korzystałem z książek Romana Ingardena" – dodał.
Umberto Eco uczestniczył w życiu społecznym Włoch, m.in. brał udział w różnych inicjatywach intelektualistów – przeciwników byłego premiera Silvio Berlusconiego. Porównał medialnego magnata i lidera centroprawicy do Adolfa Hitlera, a także zapowiadał, że wyjedzie z kraju, jeśli ponownie wygra on wybory.
W 2010 r. na targach książki w Turynie Eco powiedział, że "Internet, zdolny do pamiętania wszystkiego, to idiota". Wyraził opinię, że obecna epoka pełna pamięci o wszystkich czasach, wywołuje tylko zamęt. Jego zdaniem pamięć ma sens tylko wtedy, kiedy jest selektywna. "Nie sposób przecież pamiętać nazwisk wszystkich żołnierzy walczących pod Waterloo" – wyjaśnił.
"Dzisiaj jest inaczej, wszystko się pamięta, a w sieci jest i to, co zamieszczają wybitni naukowcy, jak i to, co piszą najgorsi kretyni, są negacjoniści i świadkowie obozów, a ta masa informacji uniemożliwia zrozumienie, co zachować w pamięci, a czego nie" – ocenił Eco.
"Wiemy, że papirus wytrzyma dwa tysiące lat, papier drukarski pięćset, ale nikt nie wie, ile może przetrwać dyskietka" – zauważył, przypominając, że już teraz wyszły one praktycznie z użycia. Zaproponował stworzenie "wspólnej encyklopedii zawierającej poprawne dane" i postawił pytanie: "Skąd mamy pewność, że Wikipedia jest sprawdzana przez osoby o dobrych intencjach i sumienne?".
W 2012 r. w wywiadzie dla dziennika "La Repubblica" z okazji swych 80. urodzin powiedział, odnosząc się do swego zainteresowania środkami przekazu: "Uprawiam krytykę mediów za pośrednictwem mediów – na szczęście można to robić". Podkreślił, że pisze książki dla czytelników "na dwa tysiące najbliższych lat". "Piszę z myślą o okresie, gdy tych, którzy mnie krytykują, nie będzie już na świecie" – wyjaśnił.
Pytany o to, jak daje sobie radę w życiu ze swoim sukcesem, odparł: "mam zawsze wyłączony telefon komórkowy i trzymam się od tego jak najdalej".
Powiedział też, że przez wiele lat planował napisać dzieło filozoficzne na temat śmiechu, ale potem uświadomił sobie, że nie jest w stanie tego zrobić. Mimo to sam rozpuścił plotkę, że nad tym pracuje. Zażartował, że zrobił to, aby kiedyś mogły powstać prace dyplomowe o jego nigdy nienapisanym dziele.
Ostatnią, wydaną już po śmierci Eco, jego książką był zbiór felietonów opublikowanych na łamach tygodnika "L'Espresso" zatytułowany "Pape Satan Aleppe" – cytatem zaczerpniętym z VII pieśni "Piekła" z "Boskiej komedii" Dantego. Słowa te są symbolem niezrozumiałości, ponieważ – jak się przypomina – zawiodły wszelkie próby ich przetłumaczenia. Ostatecznie jednak symboliczny tytuł uzupełniono podtytułem "Kroniki płynnego społeczeństwa".
Umberto Eco wielokrotnie wymieniany był jako kandydat do Literackiej Nagrody Nobla.
Zmarł 19 lutego 2016 r. Spoczywa na Cmentarzu Monumentalnym w Mediolanie.
